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HPC29

[Ubuntu] HPC 설정 Ubuntu에서 HPC 세팅하기서버 구성 masterubuntu : 192.168.207.80 node01ubuntu : 192.168.207.81 node02ubuntu : 192.168.207.82 OSOS : ubuntu-20.04.4호스트 설정호스트 네임 설정# hostnamectl set-hostname --static masterubuntu노드 간 시간 동기(필요시 실시) 호스트 파일 설정echo '192.168.207.80 masterubuntu' >> /etc/hostsecho '192.168.207.81 node01ubuntu' >> /etc/hostsecho '192.168.207.82 node02ubuntu' >> /etc/hostsecho masterubuntu > /root/.rh.. 2024. 5. 14.
[HPC]MPI compiler 연동 Open MPI 컴파일러별 연동 1. Open MPI 4 + gcc 82. Open MPI 4 + Intel(OneAPI 2024)3. Open MPI 4 + Intel(OneAPI 2023)4. Open MPI 4 + gcc115. OpenMPI 4 + gcc13 Open MPI 다운로드# wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.1/openmpi-4.1.5.tar.gz# tar zxvf openmpi-4.1.5.tar.gz1. Open MPI 4 + gcc 8# cd /openmpi-4.1.5-gcc8// OpenMPI 에서 이용하고자 하는 Compiler 버전을 정확히 확인한다. // 현재 쉘에 적용된 gnu 버전이 정확히 무엇인지 확인(gn.. 2024. 4. 26.
[HPC]One API(2023,2024) 수동 설치 One API (2024) 설치최신 버전인 2024 버전과 이전 버전을 같이 올리는 이유는 상용 소프트웨어들 중 호환이 안 되는 것들이 많기 때문이다. 2024 버전은 Intel cpu 외에 amd 에서도 쓸 수 있도록 바뀌어 나왔기 때문에 둘 중 상황에 맞게 사용하면 될 듯하다.HPC Tool KIT# wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/IRC_NAS/7f096850-dc7b-4c35-90b5-36c12abd9eaa/l_HPCKit_p_2024.1.0.560_offline.sh# sh l_HPCKit_p_2024.1.0.560_offline.sh -a -s --eula accept --install-dir /APP/hpc/compiler.. 2024. 4. 25.
[HPC]atomsk(강력한 원자 구조 생성 및 변환 도구) ATOMSK소개Atomsk는 재료 과학 연구에서 원자 구조를 생성하고, 변환하는 데 사용되는 강력하고 사용하기 쉬운 커맨드 라인 도구입니다. 이 소프트웨어는 복잡한 결정 구조, 결함, 나노 입자 등을 모델링하기 위한 효율적인 방법을 제공하며, 고체 물리학, 나노기술, 지질학 등 다양한 분야에서 사용됩니다. Atomsk의 유연성과 다양한 기능은 연구자들이 실험적 연구를 보완하고, 새로운 물질의 특성을 탐색하는 데 필수적인 도구로 만들어줍니다.주요 특징다양한 구조 생성Atomsk는 간단한 명령어로 FCC, BCC, HCP 등 다양한 결정 구조를 생성할 수 있습니다. 또한, 사용자는 고유한 구조를 정의하거나 기존 파일에서 구조를 불러올 수 있습니다.결함과 표면 모델링이 도구를 사용하여 진공 층, 곡면, 입계,.. 2024. 4. 25.
[HPC]GNU(gcc-11.4.0 , gcc-13.2.0) 수동 설치 GNU(gcc-11.4.0 , gcc-13.2.0) 수동 설치참고인터넷이 연결된 상태에서 설치를 진행해보고 파일 구성을 비교하여 설치하면 조금 더 쉽게 진행 할 수 있다.아래 실습 과정은 gcc13.2 버전에 해당하는 과정이다. 원하는 gcc 컴파일러 다운로드 후 압축 풀기# wget https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-13.2.0/gcc-13.2.0.tar.gz# tar zxvf gcc-13.2.0.tar.gz -C /APP/enhpc/source/ 필요한 파일 받기# wget https://ftp.gnu.org/gnu/gmp/gmp-6.2.1.tar.bz2# wget https://ftp.gnu.org/gnu/mpfr/mpfr-4.1.0.tar.gz# wget https://ft.. 2024. 4. 24.
[HPC]Openblas(고성능 수학 라이브러리의 핵심) 설치 Openblas소개OpenBLAS는 Basic Linear Algebra Subprograms (BLAS)의 오픈 소스 구현으로, 고성능 수치 선형 대수 연산을 제공하는 라이브러리입니다. 과학, 공학, 금융 분석, 데이터 과학 등 다양한 분야에서 행렬 연산과 벡터 계산의 효율성을 극대화하기 위해 사용됩니다. OpenBLAS는 GotoBLAS의 후속작으로 시작되어, 다양한 아키텍처에 대해 최적화되어 있으며, 다중 코어 및 하드웨어 가속을 지원합니다.주요 특징다양한 아키텍처 지원OpenBLAS는 Intel, AMD, ARM, MIPS 등 다양한 프로세서 아키텍처를 지원합니다. 이는 OpenBLAS가 폭넓은 하드웨어 환경에서 최적의 성능을 발휘할 수 있게 해줍니다.자동 최적화프로세서별 최적화된 커널을 제공하며.. 2024. 4. 16.
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